根據《中國共產(chǎn)黨紀律處分條例》規定，對黨組織的處理主要分為兩種情況：對一般違犯黨紀的黨組織，上級黨組織應當責令其作出書(shū)面檢查或者給予通報批評；對于嚴重違犯黨紀、本身又不能糾正的黨組織，上一級黨的委員會(huì )在查明核實(shí)后，根據情節的嚴重程度，可以予以改組或解散。
具體應當按照下列情形把握：一是對經(jīng)審查發(fā)現存在嚴重違紀問(wèn)題，應當受到撤銷(xiāo)黨內職務(wù)及以上處分的，給予其撤銷(xiāo)黨內職務(wù)及以上處分，不需要自然免職；二是對經(jīng)審查發(fā)現存在違紀問(wèn)題，應當受到警告或者嚴重警告處分的，給予其警告或嚴重警告處分，并自然免職；三是對經(jīng)審查發(fā)現涉嫌違紀但短時(shí)間內難以查清的，先自然免職，再對其涉嫌違紀問(wèn)題另案處理；四是對經(jīng)審查未發(fā)現存在違紀問(wèn)題的，自然免職。
在執行時(shí)，對受到自然免職處理的黨組織領(lǐng)導機構成員，應當注意：
一是自然免職后，所任該黨組織及其所屬黨的組織的黨內職務(wù)均自然撤銷(xiāo)。比如，某市委被改組處理，該市委常委、市委組織部部長(cháng)所擔任的市委常委、委員、市委組織部部長(cháng)以及市黨代會(huì )代表職務(wù)均自然免職。
二是自然免職后，所任黨外職務(wù)與該黨組織領(lǐng)導機構成員職務(wù)密切關(guān)聯(lián)的，通常應當建議黨外組織免去其所任黨外職務(wù)。比如，某市財政局黨組受到改組處理后，該市財政局黨組成員、副局長(cháng)所任該市財政局黨組成員職務(wù)即自然免職，但其所任該市財政局副局長(cháng)職務(wù)則需另行予以免職處理。
三是自然免職后，地方黨委中系省軍區（衛戍區、警備區）、軍分區（警備區）和縣、自治縣、不設區的市、市轄區的人民武裝部主官出任的地方黨委常委，在該地方黨委被改組處理后，其所任該地方黨委常委、委員職務(wù)即自然免職，但其所任省軍區（衛戍區、警備區）、軍分區（警備區）和縣、自治縣、不設區的市、市轄區的人民武裝部主官職務(wù)不屬于自然免職的范圍。
四是自然免職后，被改組處理的黨組織領(lǐng)導機構成員中系掛職干部的，其所任該黨組織及其所屬黨的組織的黨內職務(wù)均自然撤銷(xiāo)，但其所任原單位職務(wù)不屬于自然免職的范圍。
五是自然免職屬于懲戒性質(zhì)的處理，應當依照《中國共產(chǎn)黨組織處理規定（試行）》第十一條關(guān)于免職處理影響后果的規定予以執行。
主要分三種情況處理：一是符合黨員條件的，應當重新登記，并參加新的組織過(guò)黨的生活；二是不符合黨員條件的，應當對其進(jìn)行教育、限期改正，經(jīng)教育仍無(wú)轉變的，予以勸退或者除名；三是對有違紀行為的，依照規定予以追究。
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